Como testemunhos eloquentes dos primeiros tempos da ocupação portuguesa na primeira capital da colónia, a igreja da Misericórdia e o respectivo hospital da Ilha de Moçambique, sobreviveram, ao longo dos séculos, a várias tormentas, caso da extinção das Ordens Religiosas ou da separação do Estado e das Igrejas. Ainda assim, ao longo de uma vida marcada por momentos de prestígio e outros de decadência, o núcleo da Santa Casa da Misericórdia da ilha de Moçambique reuniu um tesouro considerável que, durante o Estado Novo, originou o Museu de Arte Sacra.