Da passagem de Francisco Pérez Bayer por Portugal, em 1782, resultou o seu retrato, aliás, uma «simples lembrança» sua, hoje integrada nas reservas do Museu de Évora e proveniente da pinacoteca de D. frei Manuel do Cenáculo. A colecção de pintura do bispo vinha sendo reforçada com a encomenda de retratos de figuras edificantes da sociedade. Integrava-se num vasto projecto educativo de natureza iluminista, configurado numa biblioteca-museu, servindo os retratos de monumento celebrativo e estimulante do homem exemplar, civilizado ou moral e das suas multifacetadas inteligências. A figura de Pérez Bayer enquadrava-se perfeitamente na galeria do então bispo de Beja e por isso agilizou-se a encomenda e incorporação do seu retrato, tendo sido apenas agora redescoberto no acervo do Museu de Évora, isto depois de mais de um século mal identificado, tratando-se da primeira obra conhecida do pintor Manuel José Pinheiro.